Du même avis, je pense qu'il vaut mieux couper la moulure. Avec une disqueuse faire 2 coupes verticale espacés de la largeur du profil puis évidé le milieu en protégeant les carreaux voisins avec du scotch large.
Autre solution si on veut absolument garder la moulure (en location par exemple) :
Acheter un profil PVC au moins aussi large que le profil de la parroi et au moins aussi épais que la moulure. Ce profil sera fixé verticalement du sol jusque sous la moulure et repartira du dessus jusqu'à la hauteur de la paroi (on s'en serai douté !)
Le profil de la paroi sera alors monter sur le profil PVC et l'étanchéïté de l'ensemble se fera avec un joint silicone, la partie critique sera trouvant en hauteur (normalement !) cela est moins embêtant pour les projections d'eau.