Bonjour,
Une photo représentant ta ventilation aurait été plus parlante..!
Un aérateur à membrane n'est pas adapté à la ventilation d'une fosse septique. Il ne fonctionne que lorsque la conduite est en dépression (tirage de chasse d'eau en particulier) et ce n'est pas le cas d'une fosse..

Si tu ne peux pas reprendre cette conduite par la sous-face de la toiture il te reste à la rehausser d'au moins 1 m avec le risque de vents rabattants suivant l'orientation du toit. Sinon utiliser deux coudes pour faire ramper le tuyau sur le toit au-delà du Velux.
@+