Bonjour.
Les trous sont nécessaires pour vider l'eau éventuelle

OK, ok, je ne suis pas drôle...
Taches de rouille (venant d'ailleurs) ou points de rouille (de la barque elle-même) ?
Dans le premier cas, rien à faire.
Dans le second cas, vérifier avec une pointe que ce n'est pas perforant, brosser (brosse métallique) pour enlever ce qui n'est pas adhérent, appliquer une peinture adaptée. Ou alors réparer comme une carosserie de voiture : bien brosser et dégraisser, effectuer une réparation à base de résine polyester (bi-composant), peindre.
Pour les trous, même chose, mais la résine polyester sera utilisée avec de la fibre de verre ad'hoc.
Salut !