Merci pour vos réponse, je pense que je vais laisser encore quelques jours les joints moussent que j'ai collé en A et je vais peut être en ajouter en B. Je testerai bien aussi le silicone, car il j'ai vraiment des différences d'écarts le long du cadre d'une même fenêtre.
Je pense également que a terme je devrais changer les joint existant car j'ai remarqué que pour le fenêtre avec infiltration d'air, les joints était très abimé par endroit :

Merci pour vos conseils, je vous tiendrai informé du résultat.
@Bricodi : j'ai réduit temporairement la bouche d'aspiration de la VMC, et l'infiltration d'air par les fenêtre a grandement été réduite... joint mauvais état + VMC trop forte c'es l'association diabolique.