Hello,
Je connais ça...

Les plinthes en MDF sont relativement souple, mais faut une bonne colle et des charges lourdes à poser devant les plintes pour quelles suivent bien le mur le temps que cela sèche.
Pour les endroits avec un écart de 5cm, il faudrait essayer avec des chutes de bois (ou autre) de voir s'il n'y a pas moyen de mettre plusieurs sections de plinthes bout à bout plutôt qu'une longueur entière qui ne suivra pas le mur ?
Je veux dire par là, si le mur est bien droit sur 1m on met une chute d'1m puis on enchaîne avec un autre morceau.
Je dis ça mais faut voir la tête du mur... Mettre 2 ou 3 chutes sur un grand mur ça passe, mais si il faut en mettre 40 ça va se voir.
Sinon il existe des enduits pour parquets. J'ai dû en mettre dans ma cuisine, j'avais un sol carrelage avec plinthes carrelage aussi, j'ai posé un parquet mais du coup j'avais un jour entre les plinthes et mon parquet. L'enduit se fait dans toutes les teintes de bois donc une fois fini ça ne se voit pas.
Tu peux très bien mettre ce genre d'enduit entre le mur et la plinthe. Me semble que j'ai déjà fait ça... je cherche une photo...